Makaronu powinny unikać też osoby, które zmagają się z problemem nietolerancji glutenu lub alergią na pszenicę. W tym przypadku można go zastąpić makaronami np. kukurydzianym.

Makaronu pełnoziarnistego powinny unikać też osoby zmagające się ze zgagą.

Pełnoziarnisty makaron nie jest polecany także osobom z wrzodami żołądka lub dwunastnicy z uwagi na zawartość błonnika

Makaron nie powinien również stanowić elementu diety u osób, które chorują na celiakię