Zoo ma szansę dostać się do grona ogrodów o wysokim, międzynarodowym standardzie. Odpowiedni poziom osiągnął on nie tylko dzięki prowadzeniu działalności ekspozycyjnej i rekreacyjnej. Zoo zajmuje się również hodowlą zwierząt, edukacją dzieci i młodzieży oraz, pod kontrolą Rady Naukowo-Dydaktycznej Ogrodu Zoologicznego, prowadzi badania naukowe.
W ostatnim czasie badano behawioryzm oraz zachowania zwierząt (muflonów, surykatek i nietoperzy – rudawek nilowych ).
Unikalne w skali kraju były badania temperatury ciała zwierząt, znajdujących się w sytuacjach stresowych.
Bydgoskie zoo (razem z Gdańskim Ogrodem Zoologicznym i gabinetem lek. wet. Wiesława Borkowskiego) kilka tygodni temu rozpoczął akcję edukacyjną „Zostaw w krzakach tego zwierzaka”. Podczas spotkań pracownicy zoo będą wyjaśniać dlaczego małych ssaków i piskląt nie należy zabierać do domu.
