Jej budowę z kamienia rozpoczęto zapewne zaraz po założeniu miasta w 1346 roku. Wielokrotnie była palona i odbudowywana oraz przebudowywana, kształt podobny do dzisiejszego nadano jej w XVI wieku. Styl późnogotycki.
Popularnie zwany kościołem Klarysek, gdyż powstał dla osiedlonych w Bydgoszczy w 1615 roku sióstr klarysek. Zbudowany w 1602 roku na miejscu wcześniejszego kościoła pw. Św. Ducha w stylu późnogotyckim z elementami renesansowymi. W 1835 roku, po kasacie zakonu klarysek, kościół pełnił rolę magazynu i remizy straży pożarnej. Od 1922 ponownie kościół katolicki, obecnie kościół rektorski zakonu kapucynów.
Zbudowany dla bernardynów w 1485 roku. Odbudowany po całkowitym pożarze w latach 1545 – 1552, a potem wielokrotnie przebudowywany. Styl późnogotycki. Od 1860 roku pełni funkcję świątyni wojskowej.
Murowany obiekt w stylu neobarokowym wzniesiony został na miejscu drewnianego w XVII wieku. Rozbudowany w latach XX. ubiegłego stulecia, wieżę wzniesiono dopiero w 1929 roku.
