Prywatnie związana jest z aktorem Mateuszem Banasiukiem, z którym ma sześcioletniego syna Henryka. W wolnych chwilach od pracy, większość czasu poświęca rodzinie, ale nie zapomina również o własnych pasjach. Magdalena Boczarska lubi jazdę na nartach, a niedawno rozpoczęła przygodę z wakesurfingiem.