Początkowo kanał miał dziesięć śluz, które sprawiały kłopoty - trzeba je było wciąż pogłębiać. Podobnie było z nieumocnionymi brzegami.
W II poł. XIX w. gospodarka europejska ożywiła się, wzrosło znaczenie transportu wodnego. Dlatego m.in. w 1879 r. skanalizowano górną Noteć, w Bydgoszczy skanalizowano Brdę na odcinku między Kanałem Bydgoskim a Wisłą i zbudowano port drzewny.
Autorem pierwszej przebudowy kanału był inspektor robót melioracyjnych i późniejszy długoletni inspektor Kanału Ernst Conrad Peterson. W latach 1795–1801 przebudował 9 śluz i 3 jazy na obiekty murowane. Spadki w śluzach bydgoskich wynosiły 3,2–3,7 m. Były to pierwsze w Niemczech śluzy zbudowane z cegły palonej.
W 1904 zatwierdzono w Berlinie projekt budowy Kanału Centralnego, który miał połączyć Ren z Odrą i Wisłą. W ten sposób miała powstać droga wodna ze wschodu na zachód Cesarstwa Niemieckiego, dostępna dla dużych statków. Elementem tego projektu była przebudowa drogi wodnej Odra-Wisła i Kanału Bydgoskiego.
