Przed mogiłą Marka Papały policjanci wystawili posterunek honorowy. Po złożeniu kwiatów wszyscy minutą ciszy oddali cześć tragicznie zmarłemu generałowi Policji. Sygnalista z Orkiestry Reprezentacyjnej Policji zagrał melodię „Śpij kolego”.
Nadinsp. Marek Papała piastował stanowisko Komendanta Głównego Policji od 3 stycznia 1997 r. do 29 stycznia 1998 r. Został zamordowany strzałem z pistoletu 25 czerwca 1998 r. w Warszawie przed blokiem, gdzie mieszkał z rodziną. Okoliczności śmierci byłego szefa polskiej Policji do tej pory nie zostały w pełni wyjaśnione.
Zgodnie z przyjętą wersją śledczą o podżeganie do zabójstwa Marka Papały podejrzany jest Edward Mazur. O współudział w zabójstwie podejrzewany jest Bartosz Maciejewski skazany wcześniej za zabójstwo Andrzeja Kolikowskiego pseudonim Pershing, a także Andrzej Zieliński pseudonim Słowik.
W kwietniu 2012 r. Prokuratura Okręgowa w Łodzi ogłosiła, że zabójstwo nadinspektora Marka Papały było wynikiem przypadkowego strzału oddanego przez złodzieja samochodów i świadka koronnego Igora Ł. pseudonim Patyk. Motywem ataku miała być próba kradzieży należącego do Papały samochodu daewoo espero.
Igor Ł. dzięki zeznaniom w sprawie Papały uzyskał status świadka koronnego. W kwietniu 2013 r., po wniosku prokuratury apelacyjnej w Łodzi, prokurator generalny przedłużył do końca października 2013 r. śledztwo w sprawie zabójstwa gen. Papały.
Równolegle trwał proces, w którym Ryszard Bogucki i Andrzej Zieliński, ps. Słowik, zostali oskarżeni o nakłanianie do zabójstwa gen. Marka Papały. 31 lipca 2013 r. zapadł nieprawomocny wyrok uniewinniający obu oskarżonych.
Mimo postawienia zarzutów w sprawie zabójstwa Marka Papały nieznany jest motyw zbrodni. Najbardziej prawdopodobnym jest obawa ujawnienia przez nadinspektora organizatorów międzynarodowego przemytu narkotyków. Proceder monopolizowali współpracujący z Edwardem Mazurem gangster Jeremiasz Barański ps. „Baranina” oraz Andrzej Zieliński ps. „Słowik”.
Kolejny możliwy motyw to korupcja przy bezcłowym imporcie milionów ton zboża z Uzbekistanu i Kazachstanu, organizowanym przez Edwarda Mazura, biznesmenów powiązanych z Jeremiaszem Barańskim ps. „Baranina”, Andrzejem Kuną i Aleksandrem Żaglem oraz oficerem rosyjskiego wywiadu Władimirem Ałganowem. Ałganow był przesłuchiwany w sprawie zabójstwa nadinspektora Marka Papały, odmówił jednak odpowiedzi na wszelkie pytania, twierdząc, iż mogą go one narazić na odpowiedzialność karną.
Nadinsp. Marek Papała został pochowany 2 lipca 1998 r. na cmentarzu parafialnym w rodzinnym Pruchniku na Podkarpaciu. Jego prochy zostały w roku 2020 ekshumowane i 21 lutego 2021 r. odbył się powtórny pochówek na Powązkach Wojskowych w Warszawie.
