Do najczystszych jezior w regionie należy Ostrowskie. We wschodniej części tego akwenu znajduje się znane kąpielisko Przyjezierze

Piękne jezioro Mieliwo znajduje się w tzw. Zachodniej Rynnie Jezior Brodnickich. Posiada II klasę czystości wg indeksu fitoplanktonowego. W tej klasie mieszczą się jeszcze Dębno (we Wschodniej Rynnie na Pojezierzu Brodnickim), ale także Chełmżyńskie, Goreńskie, Lutowskie, Oborskie, Okonińskie, Wądzyńskie, Witosławskie i Runowskie Duże

Jezioro Chełmżyńskie jest także w II klasie fitoplanktonowej. To może nieco dziwić, skoro ten rozległy akwen znajduje się w polodowcowej niecce otoczonej niemal wyłącznie polami uprawnymi. Wyjątkiem jest samo miasto Chełmża, które także, z natury rzeczy, nie jest czynnikiem proekologicznym, oraz wschodnie ramię otulone lasami

W pięciu jeziorach indeks wskazuje III, czyli słabą klasę czystości. To miedzy innymi Jezioro Szydłowskie koło Mogilna. Na zdjęciu w jesiennej oprawie, widoczne z brzegu w Wylatowie