Rozwój działalności naukowej pozwolił na włączenie Ogrodu w 1951 roku do Instytutu Hodowli i Aklimatyzacji Roślin. W roku 1977 Instytut przeniósł swoje kolekcje do nowej lokalizacji.

W tym czasie dotychczasowy, tradycyjny bydgoski „botanik” został przekształcony w ogólnodostępny park miejski.

Stopniowy powrót do dawnej świetności rozpoczął się od nadania Ogrodowi statusu pomnika przyrody „Arboretum” w roku 1995, ale dopiero przejęcie tego terenu przez Uniwersytet Kazimierza Wielkiego w roku 1999 sprawiło, że ogród zakwitł na nowo.

Historia ogrodu w latach:
1928 - ujęcie w planach urbanistycznych miasta terenu z przeznaczeniem na szkolny ogród botaniczny
1930 - otwarcie Szkolnego Ogrodu Botanicznego
1946 - utworzenie Miejskiego Ogrodu Botanicznego; kierownik - mgr Andrzej Michalski
1951 - przejęcie Miejskiego Ogrodu Botanicznego przez Instytut Hodowli i Aklimatyzacji Roślin
1976 - początek przenoszenia części kolekcji na teren nowo powstałego Ogrodu Botanicznego Instytutu Hodowli i Aklimatyzacji Roślin (Myślęcinek)
1978 - przekształcenie dotychczasowego Ogrodu Botanicznego w ogólnodostępny park miejski
1995 - nadanie statusu kompleksowego pomnika przyrody ARBORETUM, objęcie ochroną drzewostanu, cennego ze względu na rzadkość występowania, uznano je za kompleksowy pomnik przyrody. Jest on nietypowym, przestrzennym, przykładem tej formy ochrony przyrody, kojarzonej zwykle z pojedynczymi drzewami lub co najwyżej alejami.
1999 - przekazanie Arboretum obecnemu Uniwersytetowi Kazimierza Wielkiego (wcześniej WSP, AB)